Ministerstwo Finansów przedstawiło projekt zmian w PIT i CIT, które mają obowiązywać od 1 stycznia 2026 roku. Celem jest uszczelnienie systemu podatkowego i pozyskanie dodatkowych 7 mld zł w ciągu dekady. W praktyce oznacza to wyższe koszty dla przedsiębiorców, w tym właścicieli e-sklepów i firm działających online.

Z tego artykułu dowiesz się:
- jakie zmiany podatkowe 2026 planuje Ministerstwo Finansów w PIT i CIT,
- dlaczego ryczałt, IP Box i estoński CIT będą kluczowe dla e-commerce,
- jakie ryzyka i koszty poniosą właściciele e-sklepów i mikroprzedsiębiorcy,
- jak przygotować firmę online na wejście w życie nowych regulacji.
Zmiany podatkowe 2026 e-commerce pod presją budżetu
Rekordowy deficyt budżetowy zaplanowany na 2026 rok (271,7 mld zł) sprawił, że resort finansów zdecydował się na działania mające zwiększyć dochody podatkowe. Projekt ustawy, opublikowany we wrześniu 2025 r., zakłada ograniczenie ulg i preferencji podatkowych. Według rządu nowe przepisy mają przynieść budżetowi 7 mld zł w perspektywie dziesięciu lat.
Zmiany mają wejść w życie od 1 stycznia 2026 r., czyli z pominięciem obowiązującego półrocznego vacatio legis dla regulacji podnoszących obciążenia podatkowe. To oznacza, że przedsiębiorcy mają niewiele czasu na przygotowanie się do nowych realiów.
Słuchaj podcastu „E-commerce bez tajemnic”
Ryczałt i powiązania w e-commerce
Jedną z najbardziej dotkliwych zmian dla sektora e-commerce będzie podwojenie stawki ryczałtu przy usługach świadczonych na rzecz podmiotów powiązanych. Dokładnie z 8,5 proc. do 17 proc. Resort wskazuje na nadużycia, gdy właściciele spółek z o.o. wystawiali faktury doradcze lub marketingowe swoim firmom i korzystali z niższego opodatkowania.
W praktyce oznacza to, że rodzinne e-sklepy, mikroprzedsiębiorstwa czy spółki powiązane kapitałowo zapłacą wyższy podatek od przychodów z takich usług. To uderzy w model współpracy, który do tej pory pozwalał elastycznie rozliczać usługi wewnątrz grup firm czy rodzinnych biznesów.
Podatek cyfrowy w Polsce. Co oznacza dla branży e-commerce?
Ograniczenie IP Box i zmiany w estońskim CIT
Kolejne regulacje dotyczą IP Box, czyli 5-proc. stawki podatku stosowanej głównie przez programistów i firmy technologiczne. Z preferencji będą mogły korzystać tylko te podmioty, które zatrudnią minimum trzy osoby na umowę o pracę, niezwiązane kapitałowo ani rodzinnie z podatnikiem. To wykluczy wielu jednoosobowych przedsiębiorców oraz małe software house’y obsługujące branżę e-commerce.
Zmiany obejmą także estoński CIT, dotychczas promowany jako prosta alternatywa podatkowa dla firm kapitałowych. Ministerstwo planuje poszerzyć katalog tak zwanych ukrytych zysków o należności z tytułu najmu, dzierżawy czy usług doradczych. Sklepy internetowe korzystające z tego rozwiązania będą musiały uważnie przeanalizować swoje umowy, aby uniknąć dodatkowego opodatkowania.
Konsekwencje dla właścicieli e-sklepów
Nowe przepisy oznaczają wzrost obciążeń podatkowych oraz konieczność dostosowania systemów księgowych. Firmy będą musiały przeprowadzić audyty finansowe, zaktualizować polityki amortyzacyjne i zweryfikować powiązania kapitałowe.
Piotr Juszczyk, główny doradca podatkowy w firmie inFakt, podkreśla, że zmiany mają wyraźnie fiskalny cel. – To odebranie lub ograniczenie ulg i preferencji, by zwiększyć wpływy do budżetu. Wiele mikroprzedsiębiorstw straci dostęp do rozwiązań, które dotąd realnie wspierały rozwój biznesu – mówi.
W przypadku e-commerce szczególnie narażone są firmy rodzinne i mikroprzedsiębiorcy, którzy dotąd korzystali z ryczałtu i prostszych form rozliczeń. Wzrost kosztów podatkowych może zmusić część z nich do podwyższenia cen lub zmiany formy prowadzenia działalności.
FAQ. Najczęściej zadawane pytania
- Kiedy wejdą w życie zmiany podatkowe 2026?
Projekt zakłada wejście w życie od 1 stycznia 2026 roku, bez półrocznego vacatio legis. - Czy zmiany obejmują VAT?
Nie, projekt dotyczy głównie PIT i CIT. VAT pozostaje poza zakresem obecnych propozycji. - Kogo najbardziej dotkną zmiany w ryczałcie?
Mikroprzedsiębiorców i firmy rodzinne świadczące usługi dla spółek powiązanych, które będą musiały zapłacić podwójną stawkę ryczałtu. - Czy ceny w e-commerce mogą wzrosnąć?
Tak, wyższe koszty podatkowe i księgowe mogą zostać przeniesione na konsumentów, szczególnie w branżach o niskich marżach.
Chcesz, by Twój sklep internetowy zarabiał więcej? Pobierz teraz bezpłatny e-book „Dochodowy e-commerce 2025”. To aż 270 stron wskazówek od praktyków e-handlu.